国防部が複数回作成したコロナ・ワクチン接種計画の文書でも清海部隊は死角地帯に放置されていた。国防部は文武大王が出航した2月8日よりも前の1月に作成した「コロナ予防接種基本計画」において、必須作戦部隊について「第2順位接種対象」と明記していた。しかし清海部隊についての計画は特になかった。4月に取りまとめられた「コロナ予防接種2分期施行計画」にも派兵予定の部隊に対する接種計画しかなかった。実際に3月の時点で出国準備中だった東明部隊25陣に対する接種については疾病管理庁と協議が行われていた。
国防部は4月の時点で疾病管理庁に対し「海外派兵部隊などに対するコロナ・ワクチン接種意見返信要請」と題された文書を送付した。しかし陸上の駐屯軍が派遣先の国でワクチン接種の提供を受ける計画があっただけで、アフリカの全海域で作戦を行い艦内で生活する清海部隊については一切考慮されなかったようだ。
国防部と疾病管理庁は今月19日「派兵部隊への接種については口頭で協議を行ったが、清海部隊を特定して協議を行ったわけではない」と説明した。これについてイ・チェイク議員は「協議は清海部隊を除外して行われた。当局は言葉遊びをしていた」と批判した。